Incluso con su ubicación elevada y única, el templo Tokudaiji incorpora elementos tradicionales de jardines japoneses. Este pozo o estanque de piedra está cubierto con un "Yarai-futa (tapa de bambú)", una forma funcional y hermosa de proteger el agua sagrada utilizada para los rituales de purificación. La pagoda de piedra en miniatura y la densa vegetación en el fondo proporcionan un contraste natural refrescante con el concreto y el neón del distrito de Ueno circundante, ofreciendo a los visitantes un momento de paz.