La arquitectura del Honden se define por su icónico estilo Nagare-zukuri (fluido), que presenta un techo curvo asimétrico que se extiende hacia adelante para proteger la veranda sagrada. Su techo de corteza de ciprés erosionada y su carpintería de madera entrelazada demuestran la antigua artesanía japonesa diseñada para proteger la tríada interna de santuarios sin usar un solo clavo.